В комиксе «Лабораторная крыса», связывающем сюжет Portal и Portal 2, выживший учёный Даг Раттман после уничтожения GLaDOS помещает Челл в камеру консервации. По техническим причинам ему не удаётся выставить дату пробуждения.

Долгое время Лаборатория исследования природы порталов пребывала в запустении и о GLaDOS ничего не было слышно. Очнувшуюся Челл встречает один из многочисленных модулей персональности по имени Уитли, который соглашается проводить её к спасательной капсуле. В результате они попадают в комнату управления, где, пытаясь подать питание на спасательную капсулу, Уитли случайно включает GLaDOS. GLaDOS, однако, не спешит мстить Челл; вместо этого она возобновляет испытания с портальной пушкой и одновременно с этим принимается за восстановление разрушенной Лаборатории.

Через некоторое время Уитли удаётся помочь подруге совершить побег. Они решают уничтожить GLaDOS и следуют в цех по производству боевых турелей, где заменяют эталонный образец бракованным (чем провоцируют выпуск только бракованных изделий). Затем друзья уничтожают запасы нейротоксина, чтобы лишить GLaDOS этого оружия. Вскоре Челл и Уитли разделяются, и девушка попадает в ловушку, устроенную GLaDOS. Пытаясь убить беглянку, GLaDOS сначала активирует роботов, но, видя, что они бесполезны, пытается выпустить нейротоксин, но вместо зелёного смертоносного тумана из трубы выкатывается Уитли. Это даёт время, и Челл заменяет личностный модуль суперкомпьютера на Уитли при помощи «кнопки выхода из безвыходной ситуации». Став почти всесильным, Уитли сначала намеревается отпустить Челл (как и обещал), но затем резко меняет своё мнение, говоря, что она предала его и вообще ничем не помогала. В порыве ярости он ломает лифт, в котором находились Челл и модуль GLaDOS (теперь работающий от картофельной батарейки). Они падают в один из туннелей, построенных во время основания лаборатории, однако обеим удаётся выжить.

Беспомощную GLaDOS утаскивает птица, которую ранее случайно привёл в лабораторию Уитли, взяв её яйца, чтобы испортить дверь. Челл вскоре находит её, и GLaDOS уговаривает девушку взять её с собой, мотивируя это тем, что теперь они объединены против общего врага. С этого момента и почти до самого конца игры картофелина с GLaDOS будет помещена на устройство создания порталов. Вынужденные действовать сообща, они проходят через многочисленные заброшенные помещения, показывающие весь исторический процесс формирования лаборатории от начала 1950-х и заканчивая 1980-ми. Все это время их будет сопровождать записанный на плёнку голос основателя лаборатории Кейва Джонсона. Иногда в его беседу будет вклиниваться другой голос — его ассистентки Кэролайн. Постепенно GLaDOS узнаёт этот голос и «вспоминает», что её основополагающий модуль создан именно на основе Кэролайн, которой стареющий, и больной на тот момент, Джонсон доверил управление лабораторией.

Выбравшись наружу, Челл снова оказывается вовлечена в прохождение тестов, устроенных Уитли. За время их отсутствия Уитли из-за собственной некомпетентности успел как следует разрушить лабораторию, и GLaDOS часто сокрушается по этому поводу. Из-за всех разрушений в лаборатории появилась опасность взрыва реактора.

Пройдя почти все тесты, Челл встречается лицом к лицу с новым хозяином комплекса. Картофелина с GLaDOS помещается в пульт управления, а сама девушка берёт на себя открытую борьбу с суперкомпьютером. Уитли решает не повторять ошибок GLaDOS и поэтому удаляет с поля боя все поверхности, на которых возможно открытие порталов. Однако он забывает о трубах, которые взрываются от его же бомб и заливают комнату разноцветными гелями. Поочерёдно добавляя в Уитли бракованные модули, Челл вызывает в нём критическую ошибку, которая даёт возможность произвести обратную замену Уитли на GLaDOS, однако, отброшенная взрывом заминированной «кнопки выхода из безвыходной ситуации», она теряет возможность окончательно расправиться с врагом. Неожиданно где-то над Уитли обрушивается часть крыши, и становится видна Луна в ночном небе. Вспомнив, что «преобразующий гель» делался из перемолотой лунной породы, героиня из последних сил выстреливает порталом в Луну, и Уитли вместе с Челл затягивает в космос. GLaDOS спасает девушку, заодно отсоединив Уитли. Когда Челл приходит в сознание, перед ней стоят роботы для кооперативных испытаний.

Вновь взяв под свой контроль лабораторию, GLaDOS наводит порядок и благодарит Челл за помощь, называя её своей подругой. После она удаляет из своей памяти личность Кэролайн и говорит, что Челл приносит одни неприятности и что проще её отпустить, чем пытаться её убить. Постепенно поднимаясь на лифте всё выше, Челл видит турели, исполняющие в её честь песню. В финале Челл оказывается посреди пшеничного поля, дверь за её спиной захлопывается. Через мгновение вслед за ней за дверь выбрасывается потрёпанный Куб-компаньон.

Далее следуют титры, где GLaDOS исполняет песню «Want you gone». После этого показывают ролик, в котором Уитли, паря в космосе, раскаивается в содеянном. Вокруг него летает модуль, помешанный на космосе, и постоянно выкрикивает фразы «Космос такой большой, надо посмотреть всё!», «Я в космосе!» и «К-О-О-О-С-М-О-С!».

Сюжет игры ни коем образом не связан с сюжетом первой части. Главный герой игры — Чувак, проживает рабочую неделю в городе Парадайз и совершает самые рядовые поступки: покупает молоко, обналичивает чек в банке. Однако каждая задача может быть решена различными способами. Чувак занимается обычными делами: ходит на работу, возвращает книгу в библиотеку, покупает молоко… Однако, что бы он ни делал, мир вокруг него словно сходит с ума. При попытке сходить на работу Чувак обнаруживает, что на фирму, в которую он только что устроился, напали протестующие против жестоких компьютерных игр и собираются убить всех работников. Пытаясь вернуть книгу в библиотеку, Чувак сталкивается с защитниками природы, которые протестуют против книг, так как на них тратится бумага, изготавливаемая из деревьев, убивают читателей и устраивают пожар в библиотеке. И так далее, и тому подобное. Каждый из этих эпизодов можно пройти как мирным, так и жестоким способом, но, вне зависимости от способа прохождения, после каждого такого инцидента у Чувака появляются враги, которые при встрече с ним будут пытаться его убить. Друг с другом группировки тоже не дружат, поэтому к пятнице Парадайз начинает напоминать зону боевых действий. К концу воскресенья на Парадайз сбрасывают атомную бомбу.

Понедельник
За пару дней до событий Чувак вместе с женой и псом Чампом приехали жить в город Парадайз, для того чтобы Чувак занимался разработкой компьютерных игр в компании Running with Scissors. В понедельник с самого утра на Чувака обрушивается град проблем — кондиционер не работает, жена требует выполнить некоторые поручения, нужно идти на работу, Чамп случайно справил нужду прямо на ботинки хозяина (за что получил пинка) и вдобавок машина сломалась. Также жена напоминает о гравийной дорожке (мороженом). Когда жена спрашивает Чувака про работу он утверждает что «он взял творческий отпуск», хотя его уволили.

Вторник
Проснувшись утром, Чувак получает новый список заданий от жены, а также сам решает устроиться на работу общественным деятелем, собирая подписи под петицию за то, чтобы заставить конгрессменов играть в жестокие игры.

Среда
Делать в городе особенно нечего, поэтому главный герой вспоминает про своего покойного отца, Чувака Старшего, с которым отношения не сложились, поэтому на его могилу Чувак придёт «помочиться». Кроме этого, среда — день выборов, и Чувак как истинный гражданин своей страны обязан проголосовать. Вдогонку выясняется, что герою нужна рождественская ёлка (несмотря на то, что действия игры происходят в июле, летом ёлка дешевле).

Четверг
Вокруг трейлера Чувака выросло так много сорняков, что он решил избавиться от них сразу, для этого ему нужно купить напалм. Также в городском супермаркете продают лучшую игрушку года — Кроччи. В голову Чувака пришла мысль купить бифштексы для своих друзей-психопатов. В дополнение ко всему этому полиция принесла квитанцию для оплаты штрафа. Однако выполнение этих заданий немного усложняется — в город для содействия полиции в борьбе с преступностью вводятся войска и спецназ.

Пятница
Проснувшись утром, Чувак получает новую порцию заданий. Ему нужно купить генератор для своей сломанной машины «ДайФаКе '87», забрать посылку с почты и сходить на день рождения своего дяди Дейва. В добавление к этому, если главному герою приспичит справить нужду, он поймёт, что болен гонореей, и когда справляет нужду, у него отнимаются жизни. А это значит, что ему необходимо сходить в больницу и подлечиться. Этот день особенно характерен тем, что на улицах появляется тяжёлая военная техника — танки и гусеничные бронетранспортёры. В конце дня жена спрашивает Чувака о том купил ли он ей мороженое «гравийную дорожку», после чего слышны выстрелы.

В Just Cause 3 Рико, уволившийся после долгой службы из Агентства, приезжает на свою вторую родину – Медичи, государство, расположенное в Средиземном море. По приезде в Медичи Рико встречает своего старого друга детства – Марио Фриго, а также инженера Агентства – Дайму Али Умар Аль-Масри (с которой он был знаком до JC1 во время его миссии в Гватемале).

Страной управляет генерал Себастьяно Ди Равелло, известный своими нечеловеческими методами, садистскими наклонностями, сверхмощным бавариевым оружием и высококлассной армией, верно служащей ему. Он получил власть в 1985 году благодаря лжи, манипуляциям, интригам и крови. Он считал президента Медичи Данте и его правительство трусами и тряпками, которые боялись собственного народа и о которых вытирали ноги правители других стран. Также имела место коррупция, разрушавшая страну изнутри. Отправными точками диктатуры можно считать убийство президента и срыв выборов (всё было подстроено Ди Равелло), а также "Ночь Костров". После них власть оказалась в руках генерала. Все оппоненты диктатора либо бежали из страны, либо были репрессированы. Север региона Инсула-Стриате был буквально выжжен и обезлюжен армией генерала для построения и ремонта военных баз, аванпостов, военной железной дороги и развёртывания крупной добычи бавария. В каждом городе страны воцарилась пропаганда, а большинство технологических достижений перешло под контроль армии.

Рико встречает Сопротивление в плохом состоянии, но он готов поднять повстанцев с колен и развернуть полномасштабную революцию по всему Медичи, ведь это страна, где он провёл всё детство, а Себастьяно Ди Равелло причастен к убийству родителей главного героя. В течение игры главный герой освобождает города и посёлки, уничтожает военные базы и аванпосты, а также ровняет с землёй центкомы генерала, держащие контроль над каждым регионом. Каждый населённый пункт обладает уникальными ландшафтом и компоновкой, а также разными наборами инфраструктуры, которую игроку нужно уничтожать для освобождения пункта. Освобождение всех пунктов в провинции освобождает провинцию, но для освобождения всего региона следует пройти крайнюю сюжетную миссию в этом регионе (по сути революция в регионе). Оставшиеся пункты (а значит и провинции) можно будет освободить когда угодно. Также игроку предоставляется необъятное количество дополнительных заданий (некоторые появляются случайно в режиме реального времени) на любой вкус и цвет. В игре существует несколько биомов (поля, пляжи, пещеры, внутренние воды, горы, леса лиственные/хвойные, места добычи бавария).

Наставнику Рико Шелдону опять приходится играть на обе стороны, так как Себастьяно с начала своей власти является близким партнёром Агентства (благодаря минералу баварию, который добывается только в Медичи и который может использоваться как бесконечный источник энергии, оружие и др.), и последнее не одобряет действия Родригеса. "Это для повстанцев?... Или для Ди Равелло?..." - спрашивает Рико у своего куратора в начале игры, указывая на ящики с вооружением.

В течение игры Родригесу придётся не только бороться с армией и милицией диктатора, но и вновь встретиться с "Чёрной Рукой", а точнее с её элитными частями, работающими на генерала в обмен на баварий.

Также Рико знакомится с Алессией, которая вещает на революционном радио и будет сообщать об освобождении каждого города и сообщать о дополнительных заданиях. При освобождении баз будет вещать пропагандист с "Радио Ди Равелло", который будет пытаться завуалировать разрушения баз и революцию под управляемый и планы правительства. Как окажется далее, он сам не рад своему положению, ведь находится в неволе. С каждой освобождённой базой он будет всё больше впадать в депрессию и начнёт срываться, отходя от сути текста, а также будет просить о помощи от Сопротивления.

Рико и Марио помогают спастись перебежчику Зино Антификаре, который был учёным в бавариевом отделе генерала. Он обещает помочь Сопротивлению. Далее Родригес встречает контрабандистов Аннику и Тео, которые помогают повстанцам в миссиях по подрыву производства бавария в обмен на бавариевый танк. Дайма создаёт ЭМИ для борьбы с бавариевыми танками. Потом происходит встреча Шелдона и Ди Равелло. Последний обвиняет первого и Агентство в предательстве, так как "именно Том мог показать, как бороться с танками".

Вскоре Рико и его друг Марио осознают, что в Сопротивлении есть шпион. Кто-то передаёт данные о каждом шаге повстанцев диктатору. Контрабандисты Тео и Анника подозревают Шелдона. Вскоре раскрывается, что кротом был "сменивший сторону" Зино, специально засланный генералом, а Том был всё время чист. Он клянётся Родригесу, что никогда его не предаст. При этом Рико не забывает случаи, когда техасец пытался мешать планам Сопротивления во благо Агентству. Далее Рико подозревает, что генерал, «Чёрная Рука» (у которой контракт с правителем Медичи и которая встречалась с Рико в первой части) и он сам как-то тесно связаны под началом Агентства.

В Медичи возвращается политический лидер повстанцев Роза Мануэла, которая по идее должна стать честно избранным президентом и новым лидером после Ди Равелло. Тео и Анника присоединяются к повстанцам, когда Рико освобождает их бывшую команду. Сопротивление успешно отражает все атаки взбешённого генерала. Рико уничтожает бавариевое оружие, а потом и все сведения о баварии и "откатывает его исследования на полвека назад", но ценой жизни Даймы. Рико впадает в ярость. Он находит и убивает загнанного в угол Ди Равелло (либо позволяет совершить диктатору суицид, в зависимости от выбора игрока). Перед смертью тот говорит, что обязан свой властью Агентству. Медичи получает свободу.

В дополнениях Рико сталкивается с корпорацией "иДЕН", которая вела исследования над баварием и арендовала территории у президента Данте, а позже у Себастьяно; разрабатывала оружие для Агентства, искусственный интеллект и технологии по управлению климатом (при этом имела контракт с генералом, а также совместно вела работу с его учёными, включая Дайму Аль-Масри; была спонсирована "щедрым благотворителем из Южной Америки", Леоном Эспиносой, отцом Оскара). Также Родригес идёт на прямую конфронтацию с "Чёрной Рукой", имеющей свои территории в Медичи и изъявшей часть бавариевого оборудования вымершей корпорации, а в дальнейшем вернувшейся на базу где-то в Южной Америке. Потом Шелдон в очередной раз подставляет Рико, украв всю добычу от ограбления "Чёрной Руки". Родригес разрывает отношения с ним.

В 7 Days to Die игрок появляется в случайно сгенерированном месте с целью прожить так долго, как это возможно. Как в лесах и пустошах, так и в вымерших населённых пунктах разгуливает большое количество заражённых и когда проходит день и наступает ночь, зомби становятся более сильными и агрессивными. В игре есть возможность крафта, уничтожения и другие способы манипулирования объектами. Также в игре есть система физики, в которой строительство без поддержки (опор, колонн, стен и т.д) может привести к обрушению или частичному разрушению здания. Игра построена на основе воксельной технологии, что позволяет использовать искусственную физику для постройки и уничтожения объектов на гладкой местности.

Игра сосредоточивается на том, чтобы дать игрокам возможность выживать и днём, и ночью, так как в ней имеется дневной и ночной цикл. Днём зомби медленные и слабые, но в ночное время они становятся более быстрыми опасными и каждую седьмую ночь на игрока идёт волна мутантов, которая обнаруживает его, не имея визуального контакта с ним. В игре есть система, благодаря которой персонажу требуется еда и вода для поддержания своей жизнедеятельности, также на него постоянно воздействуют внешние факторы, температура, болезни, радиация и вирус. Предметы в игре постепенно разрушаются в процессе их использования, поэтому игроку придется искать новые или делать их самому и ремонтировать по ходу игры с помощью системы крафта.

В настоящее время игра находится в стадии альфа-тестирования, поэтому в ней ещё нет всех запланированных функций. Мир полностью разрушаемый. Игрок может вырыть шахту или котлован сколь угодно больших размеров, ограничивающиеся только размерами мира и затратами времени, построить свой собственный дом или уничтожить другие, чтобы собрать материалы, например, для строительства своей крепости. В игре также присутствует возможность маскировки и система отвлечения, чтобы избежать столкновений с зомби.

Зомби в 7 Days to Die (в зависимости от вида) могут лазить по стенам, копать, разрушать объекты или даже целые здания, если это необходимо, чтобы добраться до игрового персонажа и убить его. Это заставляет игрока защищать свою базу, ставя различные ловушки и препятствия, чтобы туда попадались зомби. После каждой смерти на игрока накладывается штраф, отнимающий некоторое количество игрового опыта.